Construite en marbre d'Arrabida, en 1491, l'église de Jesús a été conçue par Boytac. C'est la première manifestation de l'art manuélin. Les murs sont en partie revêtus d'azulejos du 17e s. Le museu de Setúbal est installé dans le couvent. Sa galerie de peinture du 15e s. abrite une importante collection de primitifs portugais (15e-16e s.). Tous ces tableaux ont été peints par un auteur inconnu désigné comme le « maître du retable de Setúbal ».