En été, les falaises de l'île Bonaventure accueillent environ 250 000 mouettes, marmettes, macareux, cormorans, goélands et petits pingouins..., dont une colonie de plus de 116 000 fous de Bassan. Une agréable excursion en bateau passe près du rocher Percé, puis fait le tour de l'île. En été, les visiteurs peuvent accoster et observer de plus près les oiseaux. Le parc organise également des croisières d'observation des baleines et met en valeur, dans le musée Le Chafaud, le patrimoine percéen.