Situé dans deux bâtiments distincts, l'aile ouest du monastère des Hiéronymites et le pavillon des Galiotes, le musée de la Marine est un conservatoire du passé maritime portugais. On y découvre de nombreuses maquettes d'embarcations : vaisseaux, nefs, frégates, yachts, paquebots de la marine marchande, modèles de la marine de guerre, bateaux de pêche... Une grande salle est consacrée aux découvertes et à la marine militaire du 15e au 18e s. et présente aussi des cartes anciennes.