Le protestantisme tient une place importante à La Rochelle, ne serait-ce que parce que l'adhésion de la population a valu à la ville les terribles sièges de 1573 et de 1627. Le musée retrace l'histoire du protestantisme dans la région rochelaise, présente des documents (dont la Confession de foi de La Rochelle et une bible de 1606), ainsi qu'une table et une chaire démontables illustrant la période « du Désert ».