La vallée de Viñales est aussi connue pour ses grottes (Cuevas), certaines anecdotiques comme la Cueva del Indio ou la Cueva San Miguel, convertie en discothèque. Pour jouer les spéléologues, on choisira la Cueva de Santo Tomás, l'une des plus importantes d'Amérique latine, parcourue par une rivière souterraine de 45 km de long. Visite bien encadrée et frissons garantis.