Les querelles nées autour de Port-Royal et du Jansénisme défrayèrent la chronique au 17e s. Aujourd'hui, seuls l'hôtel d'Atry, le cloître, la chapelle, élevée en 1646 par Lepautre, et la salle capitulaire sont encore debout. Le couvent, transformé en prison sous la Révolution, fut intégré dans la maternité Baudelocque.