Avec ses ruelles ponctuées d'arcs en ogive et les demeures vénitiennes organisées en murailles, la vieille ville de Naxos, dédale de rues au charme intact dominé par la cathédrale catholique, est l'un des plus beaux sites médiévaux des Cyclades. Au-delà des passages voûtés s'étend le vieux marché, où se cache un petit musée du Folklore qui évoque les activités traditionnelles dans l'île. Le Musée archéologique, quant à lui, est aménagé dans une école de jésuites du 17e s.