Le MAEC présente, sur quatre étages, l'histoire de la ville, depuis l'âge du bronze jusqu'à nos jours. Les collections les plus importantes concernent l'époque étrusque et nous rappellent que Cortona était l'une des plus riches cités-états d'Étrurie ; mais le musée conserve aussi un ensemble intéressant d'objets égyptiens, et d'importantes peintures et céramiques des 14e au 18e s.